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Das Naturhistorische Museum ist aus den Sammlungen der Rheinischen Naturforschenden Gesellschaft (gegr. 1834) hervorgegangen. Es wurde 1910 als städtisches Museum in der ehemaligen Klosterkirche der Reichen Klarissen eröffnet. Die wissenschaftlichen Sammlungen der Gesellschaft erlangten schnell überregionale Berühmtheit und Beachtung.

Im 2. Weltkrieg ging leider ein Teil des großen Bestandes verloren. Erst 1962 war es möglich, das Museum wieder für Besucher zu öffnen. Im Jahre 1988 wurde die Landessammlung für Naturkunde Rheinland-Pfalz gegründet. Damit begann der systematische Aufbau einer inzwischen bedeutenden regionalen Forschungsinfrastruktur für die Bio- und Geowissenschaften an diesem Haus.

Das Naturhistorische Museum ist als Bildungseinrichtung unserer Gesellschaft mit ihren demokratischen Grundwerten verpflichtet. Das Sammeln, Bewahren, Erforschen und Vermitteln eines gemeinsamen naturwissenschaftlichen Erbes und seine Weitergabe an nachkommende Generationen sind unsere Kernaufgaben. Wir fördern den Respekt vor der Vielfalt der Natur sowie das Verständnis für die gemeinsame Geschichte von Mensch und Natur.
Das Naturhistorische Museum Mainz ist ein außerschulischer und außeruniversitärer Lernort, ein Zentrum für ökologische Bildung und ein Schaufenster für die Wissenschaften. Als weltoffenes Haus ist es ein Ort der Begegnung, der Verständigung und der Integration.