Wszystkie rękopisy powstałe przed 1600 r. zostały sfilmowane. We współpracy z Biblioteką Uniwersytecką w Heidelbergu zdigitalizowano wszystkie 624 rękopisy dawnej biblioteki kartuzów w Moguncji. Zdigitalizowane dokumenty są dostępne online pod nazwą „Bibliotheca Cartusiana Moguntina”.

Pozostałe 273 średniowieczne rękopisy zostaną zdigitalizowane w ramach projektu realizowanego od lutego 2024 r. we współpracy z Biblioteką Uniwersytecką w Moguncji. Zdigitalizowane dokumenty można przeglądać za pośrednictwem portalu „Gutenberg Capture”.

Niektóre rękopisy, w tym również współczesne, zostały udostępnione w formie cyfrowej na stronie www.dilibri.de.

W ramach katalogowania rękopisów Niemieckiej Wspólnoty Badawczej (DFG) ukazały się cztery tomy drukowane (Hs I 1 - Hs I 490): Rękopisy Biblioteki Miejskiej w Moguncji opisane przez Gerhardta Powitza, Gerharda Lista, Christopha Winterera ... Wiesbaden: 1990-2021.

Rękopisy od Hs I 351 są ponadto opisane w „Handschriftenportal” (portalu rękopisów). Dotychczas zarejestrowano sygnatury Hs I 351- Hs I 490 (teologia i prawo) oraz Hs I 513 - Hs I 529 (medycyna).

Rękopisy nowożytne od 1800 r. są stopniowo dodawane do katalogu online w formie skrótowych opisów.

W przypadku rękopisów, które nie zostały jeszcze opisane, w czytelni dostępne są ręcznie sporządzone katalogi.

Oprócz rękopisów książkowych i autografów, Biblioteka Naukowa Miasta posiada kolekcję fragmentów, która jest w trakcie tworzenia, zawierającą ważne fragmenty rękopisów hebrajskich, świadectwa dotyczące skryptorium w Moguncji z IX wieku oraz fragmenty niemieckie, które są udokumentowane w spisie rękopisów. Ostatnio międzynarodową uwagę przyciągnął późno karoliński fragment ilustrowanego komentarza Bedy do Apokalipsy. Fragmenty są sukcesywnie rejestrowane w portalu rękopisów.