Всі рукописи, датовані до 1600 року, зняті на плівку. У співпраці з університетською бібліотекою Гейдельберга було оцифровано всі 624 рукописи колишньої бібліотеки картезіанського монастиря в Майнці. Оцифровані матеріали доступні в Інтернеті під назвою «Bibliotheca Cartusiana Moguntina».

Решта 273 середньовічних рукописів будуть оцифровані в рамках проекту, що триває з лютого 2024 року, спільно з університетською бібліотекою Майнца. Оцифровані матеріали можна переглянути на порталі «Gutenberg Capture».

Деякі рукописи, в тому числі сучасні, були оцифровані та розміщені на сайті www.dilibri.de.

В рамках проекту з каталогізації рукописів Німецького наукового товариства (DFG) було видано чотири друковані томи (Hs I 1 - Hs I 490): Рукописи міської бібліотеки Майнца, описані Герхардом Повіцем, Герхардом Лістом, Крістофом Вінтерером ... Вісбаден: 1990-2021.

Рукописи, починаючи з Hs I 351, також описані в «Порталі рукописів». Наразі зареєстровано сигнатури Hs I 351- Hs I 490 (теологія та право) та Hs I 513 - Hs I 529 (медицина).

Сучасні рукописи, починаючи з 1800 року, поступово вносяться до онлайн-каталогу у вигляді коротких каталожних записів.

Для рукописів, які ще не описані, у читальній залі доступні рукописні каталоги.

Окрім рукописних книг та автографів, Наукова міська бібліотека володіє колекцією фрагментів, яка знаходиться в процесі формування, з важливими фрагментами єврейських рукописів, свідченнями про скрипторій Майнца 9 століття та німецькими фрагментами, які зафіксовані в переписі рукописів. Останнім часом міжнародну увагу привернув пізньокаролінгський фрагмент ілюстрованого коментаря Беди до Апокаліпсису. Фрагменти поступово вноситься до порталу рукописів.