Tous les manuscrits datant d'avant 1600 ont été filmés. En coopération avec la bibliothèque universitaire de Heidelberg, les 624 manuscrits de l'ancienne bibliothèque de la chartreuse de Mayence ont été numérisés. Les documents numérisés sont accessibles en ligne sous « Bibliotheca Cartusiana Moguntina ».

Les 273 manuscrits médiévaux restants sont en cours de numérisation dans le cadre d'un projet mené depuis février 2024 avec la bibliothèque universitaire de Mayence. Les documents numérisés peuvent être consultés via le portail « Gutenberg Capture ».

Certains manuscrits, dont certains modernes, ont été mis à disposition sous forme numérique sur www.dilibri.de.

Dans le cadre du catalogage des manuscrits de la Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), quatre volumes imprimés ont été publiés (Hs I 1 - Hs I 490) : Les manuscrits de la bibliothèque municipale de Mayence décrits par Gerhardt Powitz, Gerhard List, Christoph Winterer ... Wiesbaden : 1990-2021.

Les manuscrits à partir de Hs I 351 sont également décrits dans le « portail des manuscrits ». À ce jour, les cotes Hs I 351- Hs I 490 (théologie et droit) et Hs I 513 - Hs I 529 (médecine) ont été enregistrées.

Les manuscrits modernes à partir de 1800 sont progressivement répertoriés sous forme de notices succinctes dans le catalogue en ligne.

Pour les manuscrits qui n'ont pas encore été décrits, des catalogues manuscrits sont disponibles dans la salle de lecture.

Outre des manuscrits et des autographes, la bibliothèque scientifique municipale possède une collection en cours de constitution comprenant d'importants fragments de manuscrits hébraïques, des témoignages sur le scriptorium de Mayence du IXe siècle et des fragments allemands répertoriés dans le recensement des manuscrits. Récemment, le fragment carolingien tardif d'un commentaire illustré de Bède sur l'Apocalypse a suscité un intérêt international. Les fragments sont progressivement enregistrés dans le portail des manuscrits.