تم تصوير جميع المخطوطات التي تعود إلى ما قبل عام 1600. وبالتعاون مع مكتبة جامعة هايدلبرغ، تمت رقمنة جميع المخطوطات البالغ عددها 624 مخطوطة من المكتبة السابقة لدير الكارتوز في ماينز. ويمكن الوصول إلى النسخ الرقمية عبر الإنترنت تحت عنوان "Bibliotheca Cartusiana Moguntina".

أما المخطوطات المتبقية البالغ عددها 273 مخطوطة من العصور الوسطى، فسيتم رقمنتها في مشروع يجري تنفيذه منذ فبراير 2024 بالتعاون مع مكتبة جامعة ماينز. ويمكن الوصول إلى النسخ الرقمية عبر بوابة "Gutenberg Capture".

تم توفير بعض المخطوطات، بما في ذلك المخطوطات الحديثة، في شكل ملفات رقمية على www.dilibri.de.

في إطار فهرسة المخطوطات التي أجرتها الجمعية الألمانية للبحوث (DFG)، تم إصدار أربعة مجلدات مطبوعة (Hs I 1 - Hs I 490): مخطوطات مكتبة مدينة ماينز التي وصفها جيرهارد بوفيتز، جيرهارد ليست، كريستوف وينترر ... فيسبادن: 1990-2021.

كما يتم وصف المخطوطات من Hs I 351 فصاعدًا في "بوابة المخطوطات". حتى الآن، تم تسجيل الرموز Hs I 351- Hs I 490 (اللاهوت والقانون) و Hs I 513 - Hs I 529 (الطب).

يتم إدراج المخطوطات الحديثة اعتبارًا من عام 1800 تدريجيًا في شكل فهارس مختصرة في الفهرس الإلكتروني.

بالنسبة للمخطوطات التي لم يتم وصفها بعد، تتوفر قوائم مخطوطة في قاعة القراءة.

بالإضافة إلى المخطوطات والمخطوطات الأصلية، تمتلك مكتبة المدينة العلمية مجموعة من الأجزاء المخطوطة التي لا تزال قيد التجميع، وتضم أجزاء مهمة من المخطوطات العبرية، وشهادات عن مكتبة ماينز في القرن التاسع، وأجزاء ألمانية موثقة في تعداد المخطوطات. وقد حظي مؤخراً جزء من تعليق بيدا المُصَوَّر على كتاب الرؤيا، والذي يعود إلى أواخر العصر الكارولنجي، باهتمام دولي. يتم تسجيل الأجزاء تدريجياً في بوابة المخطوطات.