هيئة المياه السفلى مسؤولة عن حماية المياه والمياه الطبيعية من الدرجة الثالثة. وهي تقوم بمعالجة الإخطارات والتراخيص والتصاريح الخاصة بمحطات زيت التدفئة والمنشآت الصناعية والتجارية ومحطات الطاقة الحرارية الأرضية والآبار. كما أنها تراقب المحطات القائمة وتبادر باتخاذ التدابير في حالة وجود مخاطر بيئية.