La colección comprende alrededor de 3300 impresiones antiguas (del latín «incunabula» = pañal, cuna). Además de las dos Biblias de Gutenberg, también se incluyen ejemplares de la famosa «Crónica mundial» de Hartmann Schedel (1493) y la «Cosmographia» (1482), un atlas impreso basado en Ptolomeo, considerado un hito en la impresión de mapas. La colección también incluye una de las obras más bellas del siglo XV. La «Hypnerotomachia Poliphili» (El sueño de Polifilo) de Francesco Colonna, de 1492, con grabados en madera al estilo del Renacimiento italiano, se considera una obra maestra de la imprenta temprana.

Las colecciones de los siglos XVI al XVIII reflejan la diversidad temática y la evolución histórica de los medios de comunicación del libro. Entre las piezas más destacadas de la colección se encuentran «La nave de los locos» (1506) de Sebastian Brandt, con grabados en madera, algunos de los cuales fueron creados probablemente por el joven Alberto Durero, y la novela romántica de caballeros «Theuerdank» (1517), con la que el joven emperador Maximiliano I se erigió a sí mismo un monumento. La colección también incluye importantes obras científicas, como el «Astronomicum Caesareum», un libro de astronomía para el emperador Carlos V, impreso por Peter Apian en Ingolstadt en 1540.

La colección sobre la historia del libro desde el siglo XIX hasta el XXI se encuentra en el punto de encuentro entre la producción industrial en masa y las ediciones artísticas de gran calidad, que a menudo se publicaban en pequeñas imprentas y tiradas. Entre las piezas más destacadas se encuentran obras de destacados artistas tipográficos del Art Nouveau, como Otto Eckmann y Rudolf Koch, así como de ilustradores, entre ellos Marcus Behmer y Thomas Theodor Hein. Las muestras tipográficas y los libros de muestras tipográficas de las fundiciones tipográficas más importantes y de los artistas tipográficos más destacados permiten comprender claramente la evolución de la tipografía.

La colección del Museo Gutenberg cuenta con alrededor de 2500 impresiones de finales del siglo XIX hasta el siglo XXI. Los libros, elaborados con técnicas artísticas y artesanales, se diferencian deliberadamente de los «libros» producidos en masa, que surgieron a principios del siglo XX gracias a los avances técnicos (en materia de impresión). Las impresiones tipográficas suelen caracterizarse por su diseño artístico. Se presta especial atención a cada paso del proceso de elaboración del libro, desde la selección de la tipografía hasta la composición, la impresión y la ilustración, lo que convierte al libro en una «obra de arte total».

Entre los fondos también se encuentran libros infantiles de los siglos XVIII al XX. Entre las obras más destacadas se encuentran «Bilderbuch für Kinder» (Libro ilustrado para niños), publicado por Friedrich Justin Bertuch a partir de 1790, y «Struwwelpeter» (1844), de Heinrich Hoffmann. La colección también incluye libros ilustrados de famosos ilustradores de los siglos XIX y XX, como Kate Greenaway, Arthur Rackham, Ernst Kreidolf, Lieselotte Schwarz y Maurice Sendak.

Se denominan libros en miniatura aquellos cuyo bloque de libro no supera los 10 x 10 cm. Con la colección de Heinz Müller, adquirida en 2012, el Museo Gutenberg posee el mayor fondo de libros en miniatura de Europa, con alrededor de 6900 ejemplares. La colección abarca desde bella literatura hasta diccionarios y libros de cocina, pasando por calendarios, y ofrece una visión única del mundo de los libros más pequeños.

La reflexión sobre el papel del libro en la modernidad anima a numerosos artistas a concebir los libros como objetos que a menudo distorsionan o niegan la lectura. En la colección de libros de artistas del Museo Gutenberg se encuentran, entre otras, obras de Karlheinz Zwick, Julia Farrer, Anton Würth y Barbara Beisinghoff.

La colección de literatura sobre redacción de cartas comprende más de 450 obras, es decir, guías para la redacción de correspondencia escrita, entre las que se encuentran valiosos incunables anteriores al año 1500. Este fondo de gran calidad ofrece una visión profunda de la historia y la evolución de la redacción de cartas en los últimos seis siglos hasta la actualidad.

La extraordinariamente amplia colección de libros, que contiene casi todos los títulos conservados del género en el ámbito germanoparlante, fue recopilada por el Dr. Erwin Kreim (Maguncia) y donada al Museo Gutenberg en 2011. En toda su complejidad, ofrece una visión general de la comunicación pública y privada, que fue posible gracias, en gran medida, al invento de Johannes Gutenberg.

Hoy en día, el término «escritor de cartas» es prácticamente desconocido, aunque las instrucciones impresas para escribir cartas fueron muy populares en su día. Anatol Paul Broyard (1920-1990), editor del New York Times, ya comentó: «En una época como la nuestra, que no se inclina por la escritura de cartas, olvidamos fácilmente el papel que estas desempeñaban antaño en la vida de las personas».