Kolekcja obejmuje około 3300 wczesnych druków (z łac. „incunabula” = pieluszka, kołyska). Oprócz dwóch Biblii Gutenberga w zbiorach znajdują się między innymi egzemplarze słynnej „Weltchronik” Hartmanna Schedela (1493) oraz „Cosmographia” (1482), drukowany atlas według Ptolemeusza, uważany za kamień milowy w dziedzinie drukowania map. W zbiorach znajduje się również jedno z najpiękniejszych dzieł XV wieku. „Hypnerotomachia Poliphili” (Sen Polifila) Francesco Colonnasa z 1492 roku z drzeworytami w stylu włoskiego renesansu uważana jest za arcydzieło wczesnego drukarstwa.

Kolekcje z okresu od XVI do XVIII wieku odzwierciedlają różnorodność tematyczną i rozwój historii mediów w książkach. Do najważniejszych eksponatów kolekcji należą m.in. „Statek głupców” Sebastiana Brandta (1506) z rycinami drzeworytniczymi, które prawdopodobnie zostały częściowo wykonane przez młodego Albrechta Dürera, oraz romantyczna powieść rycerska „Theuerdank” (1517), którą młody cesarz Maksymilian I uwiecznił samego siebie. W kolekcji znajdują się również ważne dzieła naukowe, takie jak „Astronomicum Caesareum”, książka astronomiczna dla cesarza Karola V, wydrukowana przez Petera Apiana w 1540 roku w Ingolstadt.

Kolekcja poświęcona historii książki od XIX do XXI wieku znajduje się w obszarze napięcia między przemysłową produkcją masową a artystycznie ambitnymi wydaniami książek, które często ukazywały się w małych nakładach i w małych wydawnictwach. Znaczące eksponaty pochodzą m.in. od wybitnych artystów secesyjnych, takich jak Otto Eckmann i Rudolf Koch, a także od ilustratorów, w tym Marcusa Behmera i Thomasa Theodora Heina. Próbki czcionek i katalogi czcionek najważniejszych odlewni czcionek i najwybitniejszych artystów typografii pozwalają na obrazowe przedstawienie rozwoju typografii.

Kolekcja Muzeum Gutenberga obejmuje około 2500 druków z okresu od końca XIX do XXI wieku. Książki te, wykonane przy użyciu skomplikowanych technik artystycznych i rzemieślniczych, celowo odróżniają się od masowo produkowanych „książek”, które pojawiły się na początku XX wieku dzięki rozwojowi technologii drukarskiej. Druki prasowe często charakteryzują się artystycznym wyglądem. Każdy etap produkcji książki – od wyboru czcionki, przez skład, druk i ilustracje – jest przedmiotem szczególnej uwagi, dzięki czemu książka staje się „dziełem sztuki totalnej”.

W zbiorach znajdują się również książki dla dzieci z okresu od XVIII do XX wieku. Do najważniejszych dzieł należą m.in. wydana w 1790 roku „Książka obrazkowa dla dzieci” Friedricha Justina Bertucha oraz „Struwwelpeter” Heinricha Hoffmanna (1844). W kolekcji znajdują się również książki obrazkowe znanych ilustratorów z XIX i XX wieku, takich jak Kate Greenaway, Arthur Rackham, Ernst Kreidolf, Lieselotte Schwarz i Maurice Sendak.

Książki miniaturowe to książki, których blok nie przekracza wymiarów 10 x 10 cm. Dzięki kolekcji Heinza Müllera, którą udało się nabyć w 2012 roku, Muzeum Gutenberga posiada największy w Europie zbiór książek miniaturowych, liczący około 6900 egzemplarzy. Kolekcja obejmuje zarówno piękne dzieła literackie, słowniki i książki kucharskie, jak i kalendarze, oferując wyjątkowy wgląd w świat najmniejszych książek.

Zastanawianie się nad rolą książki w epoce nowożytnej zachęca wielu artystów do traktowania książek jako przedmiotów, które często zmieniają lub zaprzeczają czytaniu. W kolekcji książek artystycznych Muzeum Gutenberga znajdują się między innymi dzieła Karlheinza Zwicka, Julii Farrer, Antona Würtha i Barbary Beisinghoff.

Kolekcja literatury poświęconej pisaniu listów obejmuje ponad 450 pozycji, czyli poradników dotyczących tworzenia korespondencji pisemnej, w tym cenne inkunabuły z okresu przed 1500 rokiem. Ten wysokiej klasy zbiór daje dogłębny wgląd w historię i rozwój pisania listów w ciągu ostatnich sześciu stuleci, aż do współczesności.

Niezwykle obszerna kolekcja książek, zawierająca prawie wszystkie zachowane tytuły tego gatunku z obszaru niemieckojęzycznego, została zgromadzona przez dr. Erwina Kreima (Moguncja) i przekazana w 2011 roku jako darowizna do Muzeum Gutenberga. Swoją złożonością daje ona przegląd komunikacji publicznej i prywatnej, która stała się możliwa nie tylko dzięki wynalazkowi Johannesa Gutenberga.

Dzisiaj termin „autor listów” jest w dużej mierze nieznany, chociaż drukowane instrukcje dotyczące pisania listów były kiedyś bardzo popularne. Anatol Paul Broyard (1920-1990), wydawca New York Timesa, skomentował to następująco: „W czasach takich jak nasze, które nie sprzyjają pisaniu listów, łatwo zapominamy, jaką rolę odgrywały one kiedyś w życiu ludzi”.