La flora y la fauna que se ha desarrollado a lo largo de décadas en algunas partes de la ciudadela tiene hoy un valor incalculable: aquí viven 447 especies animales y vegetales, entre ellas aves, murciélagos y abejas silvestres. De ellas, 66 especies figuran incluso en la Lista Roja, como el murciélago orejudo, la abeja de cuernos largos, el escarabajo ciervo enano, el tejo y la verbascum flocosa. Las murallas de la ciudadela se encuentran además entre los biotopos de musgo más importantes del país.

Otra característica especial es la antigüedad de los muros de la ciudadela, es decir, se trata de hábitats que han permanecido intactos durante siglos y que, además de la biodiversidad, probablemente también contienen poblaciones ancestrales y reservas genéticas de las especies.

Además, la vegetación de la ciudadela sirve como pulmón verde del centro de la ciudad. Este está aislado arquitectónicamente de los corredores de aire fresco de los alrededores. La vegetación de la ciudadela filtra el aire y enfría y humedece el clima seco y cálido de la ciudad hasta las zonas residenciales. 

El gran valor de la vegetación de la ciudadela llevó en 1986 a la designación del foso y parte de las murallas como elemento paisajístico protegido (GLB) según el artículo 29 de la Ley Federal de Protección de la Naturaleza. Desde entonces, un reglamento legal regula las acciones y medidas permitidas. Ahora es el último refugio de sus habitantes, ya que fuera del GLB se ha talado la mayor parte de la vegetación.