La flore et la faune qui se sont développées au fil des décennies sur certaines parties de la citadelle ont aujourd'hui une valeur inestimable : 447 espèces animales et végétales, dont des oiseaux, des chauves-souris et des abeilles sauvages, y vivent. 66 d'entre elles figurent même sur la liste rouge, par exemple le vespertilion brun, l'abeille à longues antennes, le petit cerf-volant, l'if et la molène floconneuse. Les murs de la citadelle comptent également parmi les biotopes de mousse les plus importants du pays.

L'âge des murs de la citadelle est également particulier, car il s'agit d'habitats intacts depuis des siècles qui, outre la biodiversité, abritent probablement aussi des populations anciennes et des réservoirs génétiques des espèces.

De plus, les espaces verts de la citadelle servent de poumon vert au centre-ville. Celui-ci est isolé des couloirs d'air frais de la périphérie par des constructions. Les espaces verts de la citadelle filtrent l'air et rafraîchissent et humidifient le climat urbain sec et chaud jusqu'aux zones résidentielles. 

La grande valeur des espaces verts de la citadelle a conduit en 1986 à la désignation du fossé et d'une partie des remparts comme élément paysager protégé (GLB) conformément à l'article 29 de la loi fédérale sur la protection de la nature. Depuis lors, un règlement régit les actions et mesures autorisées. Il s'agit désormais du dernier refuge de ses habitants, car en dehors du GLB, les espaces verts ont été en grande partie défrichés.