Meroving dönemine ait bazilikanın orijinal duvarları 16 metre yüksekliğe kadar günümüze ulaşmıştır. Bu durum, son dönemde yapılan kazı ve mimari araştırmalarla kanıtlanmıştır. O günden bu yana Mainz’da yürütülen araştırmalar, konuya ilgi duyan geniş bir kamuoyu tarafından büyük ilgi görmektedir.

7. yüzyılda, eski Mainz Katedrali, kısmen 4./5. yüzyıldan kalma bir önceki yapının duvarları üzerine inşa edilmiştir. Katedral, çift korolu ve batı transeptli üç neflili bir bazilika olarak tasarlanmış olup, 13 metre genişliğindeki orta nefi ile o dönem için anıtsal bir yapıydı.

Katedralin yeniden inşası (Willigis Katedrali) ile 1036 yılında bir manastır kilisesine dönüştürüldü. Batı transepti yıkıldı, yan nefler uzatıldı, böylece kısa ana nef görsel olarak uzatıldı. Batı korosu 14. yüzyılda inşa edildi. Muhtemelen aynı dönemde bir letner inşa edildi; bunun kaide bölümü ve temelleri son kazılarda ortaya çıkarılabildi. Barok tarzında yapılan tadilattan sonra (Lettner'in yıkılması ve zemin seviyesinin yükseltilmesi), kilise Fransız döneminde önce saman deposu ve askeri depo olarak kullanıldı. Daha sonra 1828'de Protestan cemaatine devredildi; cemaat, binayı org, merkezi vaaz kürsüsü ve ana nefte galeriler bulunan bir Protestan ibadet mekanına dönüştürdü. 1906'da mimar Friedrich Pützer tarafından Darmstadt Art Nouveau tarzında iç mekan yeniden düzenlendi. 1942'deki bir hava saldırısının ardından kilise tamamen yandı. Mimar Karl Gruber tarafından yapılan kapsamlı bir tadilattan sonra, St. Johannis 1956'da sade, tarihsel bir tarzda yeniden açıldı. 2013'ten beri yapı tarihi üzerine kapsamlı araştırmalar sürmektedir.

Kazı çalışmaları nedeniyle kilise şu anda kapalıdır. Ziyaretler sadece önceden randevu alınarak mümkündür. Telefon: +49 6131 9205886.