Las paredes originales de la basílica merovingia se conservan hasta una altura de 16 metros. Así lo han demostrado las últimas excavaciones e investigaciones arquitectónicas. Desde entonces, las investigaciones en Maguncia han suscitado un gran interés entre el público.

En el siglo VII se construyó la antigua catedral de Maguncia, en parte sobre los muros de un edificio anterior de los siglos IV/V. La catedral se diseñó como una basílica de tres naves con un coro doble y un crucero occidental, y con una nave central de 13 metros de ancho era una construcción monumental para la época.

Con la nueva construcción de la catedral (Willigisdom) en 1036, se transformó en una iglesia colegiata. Se derribó el crucero occidental y se alargaron las naves laterales para prolongar visualmente la corta nave central. El coro occidental se construyó en el siglo XIV. Probablemente al mismo tiempo se construyó un coro alto, cuya base y cimientos pudieron ser descubiertos en las últimas excavaciones. Tras una remodelación barroca (demolición del coro y elevación del nivel del suelo), la iglesia se convirtió durante la época francesa en un almacén de paja y depósito militar. Posteriormente, fue cedida a la comunidad protestante (1828), que transformó el edificio en un templo protestante, con órgano, púlpito central y galerías en la nave principal. En 1906, el arquitecto Friedrich Pützer volvió a reformar el interior en estilo Art Nouveau de Darmstadt. Tras un ataque aéreo en 1942, la iglesia se incendió. Tras una costosa reforma a cargo del arquitecto Karl Gruber, St. Johannis fue reinaugurada en 1956 con un estilo sencillo e historicista. Desde 2013 se está llevando a cabo una investigación exhaustiva sobre la historia de la construcción.

Debido a las excavaciones, la iglesia permanece cerrada en la actualidad. Solo se pueden realizar visitas previa consulta. Contacto telefónico: +49 6131 9205886.