Do wysokości 16 metrów zachowały się oryginalne mury bazyliki merowingowskiej. Potwierdziły to ostatnie wykopaliska i badania budowlane. Od tego czasu badania w Moguncji cieszą się dużym zainteresowaniem opinii publicznej.

W VII wieku zbudowano starą katedrę w Moguncji, częściowo na murach poprzedniej budowli z IV/V wieku. Katedra została zaprojektowana jako trójnawowa bazylika z podwójnym chórem i zachodnią transeptem. Jej wymiary, z nawą główną o szerokości 13 metrów, sprawiały, że była to monumentalna budowla jak na tamte czasy.

Wraz z budową nowej katedry (Willigisdom) w 1036 roku nastąpiła jej przekształcenie w kościół kolegiacki. Zachodnią nawę poprzeczną rozebrano, a nawy boczne przedłużono, aby optycznie wydłużyć krótką nawę główną. Zachodni chór powstał w XIV wieku. Prawdopodobnie w tym samym czasie powstała balustrada, której podstawa i fundamenty zostały odkryte podczas ostatnich wykopalisk. Po barokowej przebudowie (rozbiórka chóru i podwyższenie poziomu podłogi) kościół w okresie francuskim służył początkowo jako magazyn słomy i skład wojskowy. Następnie został przekazany gminie ewangelickiej (1828), która przebudowała budynek na ewangelicką salę nabożeństw z organami, centralną amboną i emporami w nawie głównej. W 1906 r. architekt Friedrich Pützer ponownie przebudował wnętrze w stylu secesyjnym z Darmstadt. Po nalocie w 1942 r. kościół spłonął. Po gruntownej przebudowie przeprowadzonej przez architekta Karla Grubera, kościół św. Jana został ponownie poświęcony w 1956 r. w prostym, historyzującym stylu. Od 2013 r. prowadzone są szeroko zakrojone badania nad historią budowy.

Ze względu na trwające wykopaliska kościół jest obecnie zamknięty. Zwiedzanie możliwe jest wyłącznie po wcześniejszym uzgodnieniu. Kontakt telefoniczny: +49 6131 9205886.