Le mura originali della basilica merovingia sono conservate fino a un'altezza di 16 metri. Ciò è stato dimostrato da recenti scavi e ricerche archeologiche. Da allora, gli studi condotti a Magonza sono seguiti con grande interesse da un vasto pubblico.

Nel VII secolo fu costruita l'antica cattedrale di Magonza, in parte sulle fondamenta di un edificio precedente risalente al IV/V secolo. La cattedrale era concepita come una basilica a tre navate con un doppio coro e un transetto occidentale; con una navata centrale larga 13 metri, era un edificio monumentale per l'epoca.

Con la ricostruzione della cattedrale (Cattedrale di Willigis) nel 1036, essa fu trasformata in chiesa collegiata. Il transetto occidentale fu demolito e le navate laterali furono allungate per prolungare visivamente la navata centrale, che era piuttosto corta. Il coro occidentale fu costruito nel XIV secolo. Probabilmente nello stesso periodo fu realizzato un roccio, la cui zona del basamento e le fondamenta sono state portate alla luce durante i recenti scavi. Dopo una ristrutturazione barocca (demolizione del roccaforte e innalzamento del livello del pavimento), durante il periodo francese la chiesa fu inizialmente adibita a deposito di paglia e magazzino militare. Successivamente fu ceduta alla comunità evangelica (1828), che trasformò l'edificio in una sala di culto evangelica, con organo, pulpito centrale e tribune nella navata principale. Nel 1906 l'architetto Friedrich Pützer realizzò un'ulteriore ristrutturazione interna in stile Art Nouveau di Darmstadt. Dopo un bombardamento aereo nel 1942, la chiesa fu distrutta da un incendio. Dopo una complessa ristrutturazione ad opera dell'architetto Karl Gruber, St. Johannis fu riconsacrata nel 1956 in uno stile sobrio e storicista. Dal 2013 è in corso una ricerca approfondita sulla storia dell'edificio.

A causa dei lavori di scavo, la chiesa è attualmente chiusa. Le visite sono possibili solo previo accordo. Contatto telefonico: +49 6131 9205886.