Un poco escondida entre las calles Münsterstraße y Walpodenstraße se encuentra la iglesia evangélica Altmünsterkirche. El edificio moderno y sencillo, con sus dos torres blancas, no deja entrever su larga y agitada historia. Según la leyenda, el convento, llamado «Altmünster» desde la Alta Edad Media, fue fundado alrededor del año 700 por «Bilehilt» (Santa Bilhildis), sobrina del entonces obispo Rigibert, como un pequeño convento para mujeres.

Inicialmente siguió las reglas benedictinas, pero en el curso de la reforma eclesiástica del siglo XIII pasó a pertenecer a la orden cisterciense. En el siglo XVII, el monasterio tuvo que abandonar su ubicación original entre las calles Bingerstraße y Bahnhofstraße y se reconstruyó 100 metros más al sur, en estilo barroco temprano. Altmünster estaba originalmente ricamente decorado. La reliquia más importante era el sudario de Cristo, que se exhibía cada lunes de Pascua y que hoy se encuentra en la catedral.

En 1802, la iglesia Altmünsterkirche fue cedida por el prefecto francés a la recién fundada comunidad evangélica unida de Maguncia. Los benedictinos de Jakobsberg, que se habían alojado entretanto en Altmünster, tuvieron que abandonar la iglesia y el monasterio. Por primera vez desde la Guerra de los Treinta Años, se celebró de nuevo un servicio evangélico en Maguncia, en Altmünster. Solo unos años más tarde, por orden de Napoleón, los protestantes tuvieron que trasladarse a la pequeña iglesia de Welschnonnen. El monasterio de Altmünster, subordinado a la administración militar francesa, se convirtió primero en maternidad y, a partir de 1808, en hospital militar. En los años siguientes, Altmünster siguió teniendo uso militar: a partir de 1895 como lugar de culto evangélico de la guarnición y, finalmente, como iglesia católica francesa de la guarnición.

En 1929, la comunidad evangélica de Maguncia recompró la iglesia al fisco del Reich por 88 000 marcos imperiales. La iglesia Altmünsterkirche fue designada tercera iglesia evangélica de la ciudad, después de las iglesias St. Johannis y Christuskirche.

Durante el nacionalsocialismo, la iglesia, junto con la vecina Wartburgheim, fue un centro del «Movimiento de Fe de los Cristianos Alemanes» y, a partir de 1936, volvió a ser iglesia de la guarnición. Tras la destrucción de Altmünster en la Segunda Guerra Mundial, la vida de la comunidad quedó completamente paralizada.

No fue hasta finales de los años 50 cuando el arquitecto Otto Vogel rediseñó y reconstruyó la iglesia al estilo de la época. Se eliminaron los adornos de la fachada este, se derribó el portal de estilo renacentista tardío, se rediseñaron las torres y se redujo el tamaño de las ventanas. La entrada principal se trasladó al oeste, a la calle Walpodenstraße.

La iglesia fue consagrada de nuevo en 1960 y desde entonces sirve como lugar de culto a la comunidad de Altmünster. Gracias a la estrecha colaboración con la escuela superior de música, la iglesia de Altmünster cuenta con dos órganos: entre semana, los estudiantes practican aquí, y los fines de semana y días festivos, los órganos suenan en los servicios religiosos.