Un po’ nascosta tra la Münsterstraße e la Walpodenstraße sorge la chiesa evangelica di Altmünster. L’edificio, moderno e dalle linee semplici, con le sue due torri bianche, lascia intuire ben poco della sua lunga e movimentata storia. Secondo la leggenda, il monastero, chiamato "Altmünster" fin dal primo Medioevo, fu fondato intorno all'anno 700 da "Bilehilt" (Santa Bilhildis), nipote dell'allora vescovo Rigibert, come piccolo convento per donne.

Inizialmente seguiva la regola benedettina, ma nel corso della riforma ecclesiastica del XIII secolo fu assegnato all’ordine cistercense. Nel XVII secolo il monastero dovette abbandonare la sua sede originaria, situata tra la Binger- e la Bahnhofstraße, e fu ricostruito 100 metri più a sud in stile primo barocco. Altmünster era originariamente riccamente arredato. La reliquia più importante era il sudario di Cristo, esposto ogni lunedì di Pasqua, che oggi si trova nella cattedrale.

Nel 1802 la chiesa di Altmünster fu consegnata dal prefetto francese alla neonata comunità evangelica unita di Magonza. I benedettini di Jakobsberg, che nel frattempo si erano insediati ad Altmünster, dovettero lasciare la chiesa e il monastero. Per la prima volta dalla Guerra dei Trent’anni, ad Altmünster si celebrò nuovamente una funzione evangelica a Magonza. Solo pochi anni dopo, per ordine di Napoleone, i protestanti dovettero trasferirsi nella piccola chiesa delle suore di Welsch. Il monastero di Altmünster, posto sotto l'amministrazione militare francese, divenne dapprima una clinica ostetrica e, dal 1808, un ospedale militare. Anche negli anni successivi Altmünster fu utilizzato a fini militari: dal 1895 come luogo di culto evangelico della guarnigione e infine come chiesa della guarnigione franco-cattolica.

Nel 1929 la comunità evangelica di Magonza riacquistò la chiesa dal fisco del Reich per 88.000 Reichsmark. La Altmünsterkirche fu designata come terza chiesa evangelica della città, dopo la St. Johanniskirche e la Christuskirche.

Durante il nazionalsocialismo, la chiesa, insieme al vicino Wartburgheim, fu un centro del "Movimento di fede dei cristiani tedeschi" e dal 1936 tornò ad essere una chiesa di guarnigione. Dopo la distruzione di Altmünster durante la Seconda Guerra Mondiale, la vita della comunità si arrestò completamente

Fu solo alla fine degli anni '50 che l'edificio fu ristrutturato e ricostruito in stile contemporaneo dall'architetto Otto Vogel. Le decorazioni architettoniche sulla facciata orientale furono rimosse, il portale di epoca tardo-rinascimentale fu demolito, le torri furono ridisegnate e le finestre ridimensionate. L'ingresso principale fu spostato verso ovest, in direzione della Walpodenstraße.

La chiesa è stata riconsacrata nel 1960 e da allora funge da luogo di culto per la comunità di Altmünster. Grazie alla stretta collaborazione con il Conservatorio, nella chiesa di Altmünster sono presenti ben due organi: durante la settimana gli studenti vi si esercitano, mentre nei fine settimana e nei giorni festivi gli organi risuonano durante le funzioni religiose.