Nieco ukryty między ulicami Münsterstraße i Walpodenstraße stoi ewangelicki kościół Altmünsterkirche. Nowoczesny i prosty budynek z dwiema białymi wieżami nie zdradza swojej długiej i burzliwej historii. Według legendy klasztor, nazywany od wczesnego średniowiecza „Altmünster”, został założony około 700 roku przez „Bilehilt” (świętą Bilhildis), siostrzenicę ówczesnego biskupa Rigiberta, jako mały klasztor dla kobiet.

Początkowo przestrzegał zasad benedyktyńskich, ale w wyniku reformy kościelnej w XIII wieku został przypisany do zakonu cystersów. W XVII wieku klasztor musiał opuścić swoją pierwotną lokalizację między ulicami Bingerstraße i Bahnhofstraße i został odbudowany 100 metrów dalej na południe w stylu wczesnego baroku. Altmünster był pierwotnie bogato wyposażony. Najważniejszą relikwią była chusta Chrystusa, pokazywana w każdy poniedziałek wielkanocny, która obecnie znajduje się w katedrze.

W 1802 roku kościół Altmünster został przekazany przez francuskiego prefekta nowo utworzonej Zjednoczonej Wspólnocie Ewangelickiej w Moguncji. Benedyktyni z Jakobsbergu, którzy w międzyczasie zamieszkali w Altmünster, musieli opuścić kościół i klasztor. Po raz pierwszy od wojny trzydziestoletniej w Altmünster ponownie odprawiono nabożeństwo ewangelickie w Moguncji. Zaledwie kilka lat później protestanci musieli przenieść się na rozkaz Napoleona do małego kościoła Welschnonnenkirche. Klasztor Altmünster, podlegający francuskiej administracji wojskowej, stał się najpierw szpitalem położniczym, a od 1808 roku szpitalem wojskowym. Również w kolejnych latach Altmünster był wykorzystywany do celów wojskowych: od 1895 roku jako ewangelicka kaplica garnizonowa, a ostatecznie jako francusko-katolicki kościół garnizonowy.

W 1929 roku ewangelicka gmina z Moguncji odkupiła kościół od skarbu państwa za 88 000 marek niemieckich. Kościół Altmünsterkirche został trzecim kościołem ewangelickim w mieście, po kościele św. Jana i kościele Chrystusa.

W okresie nazizmu kościół wraz z sąsiednim Wartburgheim był centrum „Ruchu Wiary Niemieckich Chrześcijan”, a od 1936 roku ponownie stał się kościołem garnizonowym. Po zniszczeniu Altmünster podczas II wojny światowej życie parafialne całkowicie zamarło.

Dopiero pod koniec lat 50. kościół został przebudowany i odnowiony w stylu tamtej epoki przez architekta Otto Vogela. Usunięto dekoracje elewacji wschodniej, zburzono portal z okresu późnego renesansu, przebudowano wieże i zmniejszono okna. Główne wejście przeniesiono na stronę zachodnią, od strony ulicy Walpodenstraße.

Kościół został ponownie poświęcony w 1960 roku i od tego czasu służy parafii Altmünster jako miejsce kultu religijnego. Dzięki ścisłej współpracy z uczelnią muzyczną w kościele Altmünster znajdują się aż dwa organy: w dni powszednie ćwiczą na nich studenci, a w weekendy i święta organy rozbrzmiewają podczas nabożeństw.