Lors de la rénovation de l'église protestante Saint-Jean, des travaux de construction d'un nouveau chauffage au sol ont permis de découvrir par hasard, à l'été 2013, les vestiges d'un sol datant du IXe siècle. Les experts supposent depuis longtemps que l'édifice qui précédait l'église Saint-Jean remontait à l'époque de Hatto Ier, archevêque de Mayence au IXe siècle. Il est très probable que l'église Saint-Jean ait servi de cathédrale à l'archevêché de Mayence avant la construction de la cathédrale actuelle. C'est pourquoi l'église Saint-Jean est depuis longtemps appelée « ancienne cathédrale ». Les découvertes récentes ont confirmé cette hypothèse.

De plus, des vestiges de murs ont été découverts à plusieurs endroits, indiquant les fondations d'un autre bâtiment antérieur (avant Hatto), datant probablement du début de l'époque carolingienne (VIIe ou VIIIe siècle). Les murs sont encore conservés sur une hauteur pouvant atteindre dix mètres, ce qui est exceptionnel selon Joachim Glatz, conservateur régional.

Les experts sont convaincus que St. Johannis est l'une des plus anciennes églises d'Allemagne. On ne sait pas encore s'il s'agit de la plus ancienne église. En effet, sous la construction pré-Hatto, des vestiges d'un édifice datant de l'époque romaine ont été découverts. Il pourrait s'agir d'une ancienne communauté chrétienne de l'époque romaine ou d'un temple romain. On ignore toutefois à quoi ressemblait la construction pré-Hatto.

La nef, dont l'orientation est d'ailleurs similaire à celle des églises de Rome, ressemble actuellement à un immense site archéologique. À l'époque carolingienne, la perception de l'espace était complètement différente, car le sol historique se trouvait à près de trois mètres sous le niveau actuel, ce qui donnait à l'église des dimensions totalement différentes. Il s'agissait d'une église bipolaire avec un autel à l'ouest et à l'est. Elle comportait une petite nef centrale et un transept avec des bras transversaux à l'ouest. Les nefs latérales ont été séparées par la suite. La hauteur totale a été largement conservée. La construction était nettement plus longue à l'est. Les grandes fenêtres et les fenêtres rondes datent encore de l'époque de Hatto. On suppose qu'il y avait une crypte. De plus, les couleurs étaient complètement différentes.

Dans la cave, on a trouvé non seulement l'excellent mur extérieur de l'église datant de l'époque de Charlemagne et les vestiges d'un édifice romain antérieur, mais aussi un sarcophage sans couvercle et une tombe, chacun contenant un squelette. Les tombes datent de différentes époques, le lieu de sépulture étant probablement plus ancien. L'un des squelettes pourrait dater du VIIe siècle. Les experts supposent qu'il s'agissait de personnalités laïques ou ecclésiastiques éminentes.

Actuellement, le service archéologique régional travaille sur place en coordination avec l'Église évangélique. La durée des fouilles n'est pas encore connue. Il est certain que l'église sera à nouveau utilisée comme telle à moyen terme, mais que les découvertes archéologiques seront également présentées au public. Un concept est actuellement en cours d'élaboration. Une demande pour que le site soit classé patrimoine national est en cours. Les offices religieux ont actuellement lieu dans la salle paroissiale et dans les églises voisines.