Durante i lavori di ristrutturazione della chiesa evangelica di San Giovanni, nell’estate del 2013, nel corso dei lavori per l’installazione di un nuovo sistema di riscaldamento a pavimento sono stati rinvenuti per caso i resti di un pavimento risalente al IX secolo. Da tempo gli esperti ritengono che l’edificio che precedette la chiesa di San Giovanni risalga all’epoca di Hatto I, arcivescovo di Magonza nel IX secolo. È altamente probabile che la chiesa di San Giovanni fungesse da cattedrale dell'arcidiocesi di Magonza, prima della costruzione dell'attuale duomo. Per questo motivo, la chiesa di San Giovanni è stata a lungo denominata "Vecchio Duomo". I recenti ritrovamenti hanno ora confermato questa ipotesi.

Inoltre, in diversi punti sono stati scoperti resti di muri che indicano le fondamenta di un altro edificio precedente (antecedente a Hatto), risalente presumibilmente al periodo carolingio (VII o VIII secolo). I muri sono in parte conservati fino a dieci metri di altezza, il che, secondo il conservatore regionale Joachim Glatz, è straordinario.

Gli esperti sono certi che la chiesa di San Giovanni sia una delle più antiche della Germania. Non si sa ancora se sia la chiesa più antica. Infatti, sotto l'edificio precedente a quello di Hatto sono stati rinvenuti resti di una costruzione di epoca romana: potrebbe trattarsi di una delle prime comunità cristiane dell'epoca romana o di un tempio romano. Non è chiaro, tuttavia, quale fosse l'aspetto dell'edificio precedente a quello di Hatto.

La navata, che tra l'altro presenta un orientamento simile a quello delle chiese romane, al momento sembra un imponente sito di scavi archeologici. La percezione dello spazio era completamente diversa in epoca carolingia, poiché il pavimento storico si trovava a quasi tre metri sotto l'attuale livello del suolo; la chiesa aveva quindi dimensioni completamente diverse. Era una chiesa bipolare con un altare a ovest e uno a est. C'era una piccola navata centrale e un transetto con bracci trasversali a ovest. Le navate laterali sono state separate in un secondo momento. L'altezza complessiva è sostanzialmente conservata. L'edificio era notevolmente più lungo a est. Le grandi finestre e i rosoni risalgono ancora all'epoca di Hatto. Si ipotizza l'esistenza di una cripta. Inoltre, la combinazione di colori era completamente diversa.

Nel seminterrato sono stati rinvenuti non solo il muro esterno della chiesa risalente all’epoca di Carlo Magno, dotato di ottime fondamenta, e resti di un edificio romano precedente, ma anche un sarcofago senza coperchio e una tomba, entrambi contenenti uno scheletro. Le tombe risalgono a epoche diverse, mentre il luogo di sepoltura è probabilmente più antico. Uno degli scheletri potrebbe risalire al VII secolo. Gli esperti ritengono che si tratti di personalità secolari o ecclesiastiche di spicco.

Attualmente l'Ufficio Archeologico regionale sta lavorando sul posto in coordinamento con la Chiesa evangelica. Al momento non è chiaro per quanto tempo proseguiranno gli scavi. È certo che la chiesa tornerà ad essere utilizzata come tale nel medio termine, ma che i reperti archeologici saranno anche presentati al pubblico. Si sta attualmente lavorando a un progetto. È in fase di elaborazione una richiesta per far sì che il sito diventi patrimonio nazionale. Le funzioni religiose si svolgono attualmente nella sala parrocchiale e nelle chiese vicine.