La sinagoga de Mainz-Weisenau fue construida en 1737/38. Dado que la comunidad judía de Weisenau constituía casi una cuarta parte de la población del pueblo en el siglo XVIII, la sinagoga se construyó en la calle Wormser Straße.

Durante el asedio de Maguncia en 1793, la sinagoga sufrió graves daños. Solo 25 años después se repararon los daños. En la noche de los pogromos de 1938, los nacionalsocialistas saquearon y profanaron la sinagoga de Weisenau. Sin embargo, como se temía que las llamas se propagaran a las casas vecinas, no incendiaron el edificio. En 1940, la sinagoga y el terreno fueron vendidos por la fuerza y, en la posguerra, se utilizaron como cobertizo y gallinero.

La sinagoga cayó en el olvido, y no fue hasta 1978 cuando se reconoció el significado original del edificio gracias a la exposición «Juden in Mainz» (Judíos en Maguncia). El edificio, situado en un lugar recóndito, fue declarado monumento histórico, cedido a la capital del estado federado de Maguncia y restaurado con la ayuda de la asociación de fomento fundada en 1993. La sinagoga fue inaugurada el 27 de mayo de 1996.
En el patio delantero de la sinagoga se encontraron dos mikve (baños rituales) que datan de diferentes épocas. Estos mikve, que datan del Barroco y de mediados del siglo XIX, hacen que la sinagoga de Weisenau sea única en Alemania.

Nota: Las visitas a la sinagoga de Weisenau solo son posibles con cita previa.