Синагога в Майнц-Вайзенау була побудована в 1737/38 роках. Оскільки в 18 столітті єврейська громада Вайзенау становила майже чверть населення села, синагога була побудована на Вормсер-штрассе.

Під час облоги Майнца в 1793 році синагога була сильно пошкоджена. Лише через 25 років пошкодження були усунені. У ніч погрому 1938 року нацисти розграбували і осквернили синагогу Вайзенау. Однак, побоюючись поширення вогню на сусідні будинки, вони не підпалили будівлю. У 1940 році синагога і земельна ділянка були примусово продані, а в післявоєнний період використовувалися як сарай і курник.

Синагога була забута, і лише в 1978 році завдяки виставці «Євреї в Майнці» було відновлено первісне значення будівлі. Прихована будівля була визнана пам'яткою архітектури, передана у власність столиці землі Майнц і відреставрована за допомогою товариства підтримки, заснованого в 1993 році. 27 травня 1996 року синагога була урочисто відкрита.
У передньому дворі синагоги було знайдено дві мікви (ритуальні купальні), що походять з різних епох. Ці мікви, що датуються бароковим періодом і серединою 19 століття, роблять синагогу Вайзенау унікальною в Німеччині.

Примітка: відвідування синагоги Вайзенау можливе тільки за попередньою домовленістю.