Outre la prise en compte des questions liées à la protection des espèces dans l'aménagement du territoire, le domaine de la protection des espèces s'occupe également de la surveillance du commerce, de la possession et du transport d'espèces protégées. En effet, le commerce illégal d'espèces animales et végétales exotiques reste une activité très lucrative. De nombreuses espèces sont menacées d'extinction et font l'objet d'interdictions commerciales strictes. Malgré cela, le commerce illégal a augmenté et entraîné le déclin de nombreuses espèces animales et végétales.

Mais les espèces animales et végétales menacées sont également protégées en Allemagne et en Europe. Elles ne peuvent par exemple être ni tuées ni prélevées dans la nature. Outre la Convention de Washington sur la protection des espèces et le règlement européen sur la protection des espèces, la directive européenne « Habitats » et la directive « Oiseaux » ainsi que la loi fédérale sur la protection de la nature et le règlement fédéral sur la protection des espèces sont particulièrement importants.

L'Office de l'environnement et des espaces verts est responsable des tâches suivantes en matière de protection des espèces :

• Gestion des données relatives à tous les individus des espèces protégées soumises à déclaration détenus dans la zone urbaine
• Délivrance de certificats pour la commercialisation et le transport (au sein de l'UE)
• Contrôle des livres généalogiques
• Surveillance du commerce
• Constatation et sanction des infractions, confiscation et saisie des spécimens