Magonza offre un'ampia gamma di istituti scolastici. Oltre alle scuole elementari situate nelle vicinanze delle abitazioni, i cittadini hanno a disposizione un'offerta variegata di scuole secondarie, un'università ricca di tradizione con istituti riconosciuti a livello internazionale, istituti superiori professionali con un proprio profilo distintivo e un'interessante offerta di formazione continua.

Oltre a numerose scuole elementari comunali, private e confessionali, scuole speciali, scuole secondarie di primo grado, licei e scuole professionali, vi è una scuola per studenti particolarmente dotati, quattro scuole secondarie integrate e una scuola Waldorf.

A Magonza ci sono numerose scuole a tempo pieno, di norma "di nuova concezione". Il modello prevede un'offerta a tempo pieno dalle 8 alle 16 per quattro giorni alla settimana, esclusi i periodi di vacanze scolastiche. I genitori iscrivono i propri figli all'offerta a tempo pieno per l'anno scolastico successivo. Nel caso delle "scuole a tempo pieno obbligatorie", la decisione di frequentare l'offerta a tempo pieno per il resto del percorso scolastico viene presa all'inizio della frequenza scolastica.