Moguncja oferuje szeroki wachlarz placówek edukacyjnych. Oprócz szkół podstawowych położonych w pobliżu miejsca zamieszkania, mieszkańcy mają do dyspozycji różnorodną ofertę szkół średnich, tradycyjny uniwersytet z uznanymi na arenie międzynarodowej instytutami, uczelnie wyższe o niezależnym profilu oraz atrakcyjną ofertę kształcenia ustawicznego.

Oprócz wielu miejskich, prywatnych i wyznaniowych szkół podstawowych, szkół specjalnych, szkół realnych plus, gimnazjów i szkół zawodowych istnieje szkoła dla uczniów szczególnie uzdolnionych, cztery zintegrowane szkoły ogólnokształcące oraz szkoła Waldorf.

W Moguncji istnieje wiele szkół całodziennych, zazwyczaj „w nowej formie”. Koncepcja przewiduje cztery dni w tygodniu poza feriami szkolnymi z ofertą całodzienną od 8:00 do 16:00. Rodzice zapisują swoje dziecko na zajęcia całodzienne na nadchodzący rok szkolny. W przypadku „obowiązkowych szkół całodziennych” decyzja o uczestnictwie w zajęciach całodziennych przez pozostały okres nauki podejmowana jest na początku nauki w szkole.