Strażą Pożarną w Moguncji kieruje komendant, który pełni jednocześnie funkcję najwyższego dowódcy tej formacji.
W przypadku katastrof lub akcji specjalnych przejmuje on kierownictwo nad akcją lub powołuje sztab dowodzenia w postaci technicznego dowództwa operacyjnego. Kierownictwo polityczne sprawuje burmistrz.
Ponieważ komendant kieruje również Ochotniczą Strażą Pożarną, pełni on również funkcję miejskiego inspektora straży pożarnej.