Bis in 16 Meter Höhe sind noch die ursprünglichen Mauern der merowingischen Basilika erhalten. Dies konnten jüngste Grabungen und Bauforschungen nachweisen. Seither werden die Untersuchungen in Mainz von einer großen interessierten Öffentlichkeit viel beachtet.

Im 7. Jh. wurde der alte Mainzer Dom errichtet, teils auf Mauerzügen eines Vorgängerbaus aus dem 4. /5. Jh. Der Dom war als dreischiffige Basilika mit einer Doppelchoranlage und einem Westquerhaus angelegt, in seinen Dimensionen mit einem 13 Meter breiten Mittelschiff für die damalige Zeit ein monumentaler Bau.

Durch den Neubau des Domes (Willigisdom) erfolgte 1036 die Umwandlung in eine Stiftskirche. Das Westquerhaus wurde abgebrochen, die Seitenschiffe verlängert, um das kurze Langhaus optisch zu verlängern. Der Westchor entstand im 14. Jh. Wohl zeitgleich ist ein Lettner entstanden, dessen Sockelzone und Fundamente bei den jüngsten Grabungen freigelegt werden konnten. Nach barockem Umbau (Abbruch des Lettners und Bodenniveauerhöhung) wurde die Kirche während der französischen Zeit zunächst zu einem Strohlager und Militärdepot. Danach Übereignung an die evangelische Gemeinde (1828), die das Gebäude in einen evangelischen Gottesdienstraum umbaut, mit Orgel, zentraler Kanzel und Emporen im Hauptschiff. 1906 abermaliger Innenumbau im Darmstädter Jugendstil durch Architekt Friedrich Pützer. Nach einem Luftangriff 1942 brennt die Kirche aus. Nach aufwändigem Umbau durch den Architekten Karl Gruber wird St. Johannis 1956 im schlichten, historisierenden Stil wieder eingeweiht. Seit 2013 umfassende Erforschung der Baugeschichte.

Aufgrund der Grabungssituation ist die Kirche zur Zeit geschlossen. Besichtigungen sind nur nach Rücksprache möglich. Telefonkontakt: +49 6131 9205886.