Viele der städtischen Flächen, die durch die Biotopkolonne betreut werden, liegen im Außenbereich. Ein Teil dieser Flächen befindet sich in Naturschutzgebieten und erfordert daher eine sorgfältige und naturschutzfachliche Betreuung und besondere Artenkenntnisse. Die Pflege umfasst viele Aufgabenbereiche und orientiert sich an ökologischen Gesichtspunkten. Sie umfasst Maßnahmen, die gezielt Flora und Fauna fördern. Das sind etwa Mahdvorgaben, wie das Festlegen von Mahdzeitpunkten und das Bewahren von Altgrasbeständen, um Lebensräume für Pflanzen und Tiere zu erhalten und zu schützen. Zudem ist die Erkennung und Bekämpfung von Neophyten auf diesen Flächen ein wiederkehrendes Thema.